Les vestiges les plus anciens de la présence humaine à Paris ont été retrouvés dans le 12ème arrondissement, au niveau du village de Bercy. Ces découvertes archéologiques permettent d’affirmer qu’un village était présent env. 4000 ans avant JC : pirogues, poteries, arcs et flèches, outils en os et en pierre. A l’époque romaine, l’arrondissement était couvert par des marécages et des prairies avec seule une voie reliant Paris à Melun.
C’est à partir du 13ème siècle que se crée le premier faubourg dans ce secteur aux portes de Paris : le faubourg Saint-Antoine qui se développe autour de l’abbaye Saint-Antoine. Séparé de Paris par la Bastille, le faubourg va continuer à croître sous l’impulsion de ses ébénistes et autres artisans du meuble. Au 17ème siècle, ils sont rejoints par des façonniers pour le plus grand plaisir de l’aristocratie et la haute bourgeoisie parisienne qui s’arrachent les créations de ce faubourg pour leurs hôtels particuliers. De nombreux projets d’urbanisme sont menés à cette époque afin d’assurer une plus grande sécurité. Jusqu’ici terrain de chasse royale, Louis XV aménage le bois de Vincennes avec de nombreuses allées ouvertes au public.
La partie ouest de l’arrondissement actuel est intégré dans l’enceinte des Fermiers Généraux au 18ème siècle : délimité à l’est par le Boulevard de Picpus et de Reuilly actuel. Le faubourg compte dans ses rangs les premiers insurgés lors de la Révolution. La guillotine sera dressée en 1794 « place du Trône-Renversé », actuelle place de la Nation. En 45 jours, env. 1300 personnes sont guillotinées. Le faubourg Saint-Antoine restera un vivier révolutionnaire tout au long du 19ème siècle (1830, 1848, 1851 et barricades de la Commune de Paris).
Le préfet Haussmann crée de nombreuses artères pour « aérer » le secteur : boulevard Diderot, boulevard de Vincennes, rue Chaligny et rue Crozatier… La gare de Lyon est érigée en 1900. Le bois de Vincennes est régulièrement transformé durant le 20ème siècle dont le jardin d’agronomie tropicale de Paris en 1907 et le parc zoologique de 14 hectares ouvert en 1934. Plus récemment, l’Opéra Bastille voit le jour en 1989 ainsi que le Palais Omnisport de Bercy en 1984. Le village de Bercy, à proximité de Charenton-le-Pont, est lui inauguré en 2000.