La partie nord de l’arrondissement (au delà des boulevards Auguste Blanqui et Vincent Auriol) a été incorporé à l’enceinte des Fermiers Généraux au 18ème siècle. Le faubourg Saint-Marcel, un des plus pauvres de Paris, se développe par l’installation des tanneurs et teinturiers au bord de la Bièvre. Ce n’est qu’au milieu du 19ème siècle, sous Louis-Philippe qu’une nouvelle enceinte fortifiée est construite. L’enceinte de Thiers intègre alors l’ensemble du 13ème arrondissement. C’est alors un quartier populaire et ouvrier porté par le faubourg Saint-Marcel.
La Butte-aux-Cailles est à l’origine une colline couverte de vignes et de prairies. Au 17ème siècle, ce secteur devient insalubre à cause des activités industrielles utilisant l’eau de la Bièvre. A la fin du 19ème siècle, la bièvre est couverte et l’habitat se développe à l’écart du standard Haussmannien. Cela est du aux carrières de calcaire qui ne permettent pas, encore à ce jour, la construction de bâtiments lourds. Inspiré par Le Corbusier, la partie de l’arrondissement situé au sud de la place d’Italie se transforme après la seconde guerre mondiale. Au début des années 90, de grands travaux sont entrepris dans l’est du 13e arrondissement avec la construction de la Bibliothèque Nationale de France et du vaste quartier nouveau Paris Rive Gauche.